Sovrannaturale - ambientata nel nostro mondo, ma con elementi magici
Fantasy - ambientata in un contesto diverso dal nostro (scuola di magia, mondo popolato da streghe, vampiri che hanno dominato il mondo o altro)
Almeno, io faccio questo ragionamento XD mi sembra dipenda molto dall'ambientazione.
Il sovrannaturale è "Qualcosa di insolito che capita in un mondo pseudo-normale", mentre il fantasy la descrizione di un mondo insolito, diverso.