La nave Vengeur con a bordo il marinaio Querelle (Brad Davis), comandata da Seblon (Franco Nero) che nutre un tenero ed inconfessato amore per Querelle, attracca al porto di Brest.
Qui Querelle conosce l'equivoco Nono (Günther Kauffmann), gestore di un bordello, e Lysianne (Jeanne Moreau), sua moglie e amante di suo fratello Robert.
La storia si snoda in questo mondo fatto di personaggi equivoci, tresche amorose eterosessuali e omosessuali, violenza e droga alla ricerca della vera identità di Querelle. Lo stile è marcatamente antirealistico: il film è girato interamente in teatro di posa, con scenografie espressionistiche e barocche con
marcate suggestioni falliche, una fotografia (di Xavier Schwarzenberger) che ne accentua l'innaturalezza esaltando i toni del rosso, ampio l'uso della voce fuori campo, dialoghi letterari.