Una prima traccia non cristiana della esistenza di Gesù la troviamo in Flavio Giuseppe. Nato a Gerusalemme verso il 37-39, quindi pochissimi anni dopo la morte di Gesù, questo storico ebreo mostra di conoscere bene i fatti di cui parla. Alla fine del primo secolo Flavio Giuseppe scrive le Antichità giudaiche, cioè la storia del popolo ebraico dalle origini fino al 66 d.C. In questa opera troviamo tre riferimenti importanti a Gesù e ai cristiani: il primo riguarda la morte di Giovanni Battista (XVIII, 116-119); il secondo la morte di Giacomo, che Flavio Giuseppe qualifica come "fratello di Gesù chiamato il Cristo" (XX, 200); il terzo, il più noto, è conosciuto come Testimonium Flavianum e ci interessa particolarmente. Sentiamo che cosa ha scritto Flavio Giuseppe: "Ora, ci fu verso questo tempo Gesù, un uomo sapiente, seppure bisogna chiamarlo uomo: era infatti facitore di opere straordinarie, maestro di uomini che accolgono con piacere la verità. E attirò a sé molti Giudei, e anche molti dei Greci. Costui era il Cristo. E avendo Pilato, per denuncia degli uomini principali fra noi, punito lui di croce, non cessarono coloro che da principio lo avevano amato. Egli infatti comparve loro al terzo giorno nuovamente vivo, avendo già detto i divini profeti queste e migliaia d'altre cose mirabili riguardo a lui. E ancora adesso non è venuta meno la tribù dì quelli che, da costui, sono chiamati i Cristiani" (Antichità giudaiche, XVIII, 63-64).
Se stiamo a questa testimonianza antichissima, Flavio Giuseppe sarebbe stato a conoscenza non solo della esistenza di Gesù, ma anche dei suoi poteri, della sua funzione messianica e della sua risurrezione dai morti. Va detto che tutto questo è apparso eccessivo a molti studiosi, che considerano improbabile anche il tono elogiativo nei confronti di Gesù usato da un ebreo. Per questa ragione, si pensa che questo passo sia stato manipolato da una ignota mano cristiana prima di giungere a Eusebio di Cesarea, il grande storico della Chiesa del IV secolo, che lo riporta nella sua celeberrima Historia Ecclesiastica (I, II). In ogni caso, quello che a noi interessa è un dato: questo ebreo del primo secolo ha sentito parlare di Gesù e, da storico, non mette in dubbio la sua esistenza. E tutto questo ricordiamolo in ambiente non cristiano.
C'è un'altra notizia interessante. Qualche anno fa, uno studioso ebreo è riuscito a scoprire la probabile versione originale del Testimonium Flavianum. Ce ne ha dato notizia Vittorio Messori, nel suo Ipotesi su Gesù. Nel 1972, il prof. Shlomo Pinès, professore all'Università Ebraica di Gerusalemme, ha scritto un articolo sull’International Herald Tribune dal titolo Gli ebrei portano le prove dell'esistenza di Gesù. Pinès aveva scoperto per primo che del testo di Giuseppe Flavio c'era un'altra versione, diversa da quella giudicata inquinata dagli storici. Questa versione è contenuta in un'opera araba del X secolo, la Storia Universale di Agapio, vescovo di Hierapolis in Siria. Agapio riporta il Testimonium Flavianum senza quelle espressioni elogiative che lo facevano rifiutare dagli studiosi. Ora, il professore Pinès osserva che sembra impossibile che un vescovo cristiano abbia minimizzato volontariamente il testo di Flavio Giuseppe, togliendogli (se c'erano) i termini elogiativi su Gesù. Allora, possiamo pensare che il professore ebreo contemporaneo ha davvero scoperto la versione originale della testimonianza di Flavio. Se è così, dice Pinès, "abbiamo qui la più antica testimonianza scritta, di origine non cristiana, che riguardi Gesù".
Ecco il brano di Flavio Giuseppe, così com'è riportato da Agapio, nella versione dell'Università Ebraica di Gerusalemme: "A quell'epoca viveva un saggio di nome Gesù. La sua condotta era buona, ed era stimato per la sua virtù. Numerosi furono quelli che, tra i Giudei e le altre nazioni, divennero suoi discepoli. Pilato lo condannò ad essere crocifisso e a morire. Ma coloro che erano divenuti suoi discepoli non smisero di seguire il suo insegnamento. Essi raccontarono che era apparso loro tre giorni dopo la sua crocifissione e che era vivo. Forse era il Messia di cui i profeti hanno raccontato tante meraviglie". Anche in questa versione, non manipolata da mano cristiana, risulta che l'ebreo Flavio Giuseppe dava per scontato l'esistenza storica di Gesù. Il dato è di fondamentale importanza, perché ci è offerto da uno storico quasi contemporaneo a Gesù e proviene da un ambiente che è sicuro dell'esistenza di Cristo, anche se non ne accoglie il messaggio: è quindi un ambiente non interessato a mentire, inventandosi l'esistenza di Cristo.
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