*Sinossi comprensiva del finale*
Hiromu è un ragazzo come tanti altri: frequenta le scuole superiori, ha la ragazza, gioca nel club di basket; eppure la normalità della sua esistenza subisce una scossa il giorno in cui si rende conto di essere l'unico in grado di ricordare Shuichi Tetsuya. I compagni di scuola, che pure avevano avuto a che fare col ragazzo il giorno appena precedente, e gli insegnanti, sembrano aver rimosso qualunque ricordo legato all'esistenza di una persona con quel nome. Sempre più avvolto da una cappa di inquietudine e dubitando ormai della propria salute mentale, Hiromu incontra infine qualcuno che si ricorda di Shuichi Tetsuya. L'incontro però gli apporta nuovi dubbi e interrogativi: l'enigmatico ragazzo che afferma di aver trovato "buono" Shuichi gli salta infatti addosso, chiamandolo Glorius e manifestandogli la contentezza di rivederlo dopo anni. Hiromu viene sottratto all'imbarazzante situazione solo grazie all'intervento della propria ragazza, Natsumi, che lo trascina al cinema, dove il ragazzo continua tuttavia a ripensare a quanto bizzarra appaia la sparizione di Shuichi.
L'indomani la situazione non si presenta migliore: Hiromu incontra nuovamente lo strano ragazzo che lo chiama Glorius e si trova a dover chiarire quello che ritiene l'equivoco in cui l'altro è caduto rispetto alla sua identità; la reazione del ragazzo, che si mostra sinceramente stupito del fatto che lui si sia davvero dimenticato di averlo conosciuto, manda però Hiromu definitivamente in crisi.
Solo la conversazione con Natsumi sembra porre un po' d'ordine nel caos dei pensieri di Hiromu, ma il sollievo dura poco. Hiromu infatti sorprende l'enigmatico ragazzo mentre bacia Natsumi sulla bocca e quando furibondo si scaglia contro di lui, si sente replicare che non è il caso di preoccuparsi, dal momento che "non l'ha uccisa". Voltandosi, Hiromu vede Natsumi a terra e mentre tenta di soccorrerla, sempre più preoccupato e incredulo per la piega surreale che gli avvenimenti stanno prendendo, gli viene chiesto che cosa sia quella ragazza per lui. Hiromu risponde che quella è la sua fidanzata, ma l'altro gli dice che quella non è la sua fidanzata e che chiarirà tutti i dubbi di Hiromu, se questi vorrà seguirlo. Hiromu si avvia dunque fuori dall'edificio scolastico, tenendo Natsumi svenuta sulle spalle, dietro il ragazzo sconosciuto che lo conduce in un mondo "altro", vuoto, che egli afferma essere la vera "casa" di Hiromu; e in mezzo al niente si trova in effetti una casa all'occidentale, dentro alla quale siede, mantenendo un'espressione assente, come una bambola, quella che viene presentata ad Hiromu come la sua vera fidanzata: Valeriana Folieri.
L'inquietante personaggio che l'ha condotto in quel luogo spiega inoltre ad Hiromu che egli è come lui un "collezionista di memorie", un essere che si nutre di vite umane, eliminando ogni segno della loro esistenza, ma Hiromu si rifiuta di credere alla cosa, affermando di essere incapace di compiere atti del genere, e, portandosi dietro l'ancora priva di conoscenza Natsumi, torna nel mondo reale.
Hiromu però si rende ben presto conto del fatto che il collezionista di memorie non è disposto a lasciarlo perdere: intorno a lui la gente comincia sparire. Terrorizzato, il ragazzo corre a casa, temendo per i propri affetti e soprattutto per Natsumi, ma dove avrebbe dovuto sorgere la villetta dei genitori c'è solo un spazio fra due case e qui viene raggiunto dal collezionista di memorie che ha portato con sé Valeriana. Il collezionista gli dice che la sparizione della casa dipende da fatto che lui ha eliminato i genitori di Hiromu e quando Hiromu arrabbiato lo affronta gridandogli contro di ridargli i suoi amici e i genitori, l'altro gli pone davanti la prova inconfutabile che non è Hiromu: dal momento che i genitori di Hiromu sono stati eliminati da un collezionista di memorie, il quale, nutrendosi di loro, ha eliminato qualsiasi segno della loro esistenza sulla terra, se Hiromu fosse colui che è convinto di essere sarebbe dovuto scomparire come la casa e i genitori stessi.
Hiromu, posto di fronte ad un argomento inoppugnabile, urla comunque contro il collezionista di memorie, chiedendo di essere lasciato in pace a vivere la sua vita, anche se la vita in questione non è davvero la sua, dal momento che non vuole vivere come un collezionista di memorie. Ma a questo punto l'altro gli rinfaccia di essere davvero egoista, in quanto era stata una scelta di "Glorius" quella di condurre così la propria esistenza e in quella scelta aveva trascinato anche Valeriana.
L'arrivo di Natsumi nel mezzo della discussione fa precipitare le cose: il collezionista di memorie cerca di "cancellarla" baciandola, ma Hiromu interviene dicendo che avrebbe fatto tutto quello che gli era richiesto se Natsumi fosse stata lasciata in pace. Ad Hiromu viene dunque chiesto di cancellare i ricordi che Natsumi ha di lui con il proprio bastone magico, ma la reazione contraria della ragazza, che si rifiuta di lasciar andare Hiromu e di perdere i propri ricordi, smuove qualcosa nella memoria del ragazzo. Hiromu sente di aver già vissuto quell'insopportabile senso di perdita che la situazione corrente gli ha richiamato: nel momento in cui, abbracciato a Natsumi, sente il collezionista di memorie dirgli di fare come crede ma che nel caso lui avesse scelto Natsumi allora Valeriana non sarebbe più stata sua, Hiromu ricorda il proprio vero passato e la sua esistenza come Glorius, cancella i ricordi di Natsumi, la adagia svenuta su una panchina e se ne va con il collezionista di memorie di cui finalmente ricorda il nome, Vermillion, e con la "sua" Valeriana.
Il passato di Glorius Lily e di Valeriana viene dunque presentato attraverso un lungo flashback. Glorius Lily era in origine un umano che viveva nel Giappone appena riapertosi all'Occidente nella metà dell'Ottocento, figlio di un ricco industriale, era stato fidanzato dal padre con una ragazza giapponese che costituiva un ottimo partito ma per la quale Hirokazu non nutriva alcun sentimento. Chiuso e sfiduciato nei confronti degli esseri umani a causa dell'educazione ricevuta, il giovane Hirokazu apprende grazie a Valeriana Folieri, una ragazza straniera appena giunta in Giappone e residente presso la chiesa cristiana della cittadina, a rapportarsi in modo più aperto verso gli altri. Se la frequentazione di Valeriana giova ad Hirokazu che piano piano inizia ad aprirle il suo cuore, l'attenzione che presta alla ragazza straniera non sfugge alla sua fidanzata e al padre, l'una gelosa del sentimento che il ragazzo sembra nutrire nei confronti della rivale e l'altro preoccupato per il cambiamento del figlio e per il rischio che il fidanzamento vantaggioso per l'azienda venga annullato. La ragazza giapponese sobilla dunque la folla, mettendo in giro la diceria che Valeriana Folieri sia una strega e debba essere ritenuta responsabile della crisi del paese e il padre pur conscio del fatto che le streghe non esistono decide di sacrificare la ragazza occidentale alla superstizione popolare per il benessere della propria azienda. La folla inferocita massacra l'innocente Valeriana, bruciandola dentro alla chiesa mentre Hirokazu assiste impotente alla scena. Quando infine Hirokazu riesce a liberarsi e ad entrare nella chiesa in fiamme per Valeriana non c'è più nulla da fare e lui stesso viene considerato dalle persone all'esterno ormai spacciato. In chiesa, però, Hirokazu, prostrato e disperato, sfoga i suoi sentimenti invocando ad alta voce la morte di tutti quelli che si sono resi responsabili dell'uccisione di Valeriana; ed è a questo punto che Vermillion, che già gli si era rivelato in precedenza e aveva osservato la situazione senza intervenire, gli offre la possibilità di poter cambiare la propria natura, di rinunciare alla sua umanità - divenendo un collezionista di memorie - e di risuscitare l'amata Valeriana. Hirokazu accetta, esce dalla chiesa e annulla l'intera città. Risuscitata Valeriana, due nuovi "collezionisti di memorie" vedono la luce; ma mentre Vermillion sceglie un nuovo nome per Hirokazu - Glorius Lily - Valeriana non accetta che il suo nome venga cambiato.
L'incontro di Glorius Lily e di Hiromu avviene molto tempo dopo: Hiromu, che conduce una normalissima esistenza fra scuola e club, è pervaso da un senso di noia, ma il comparire davanti a lui di Glorius lo porta a rivedere la propria posizione e a valutare diversamente la vita. L'iniziale eccitazione nel constatare l'esistenza di un "sosia" dalla natura "non umana" - con conseguente scambio di ruoli per un giorno, alla maniera de "Il principe e il povero" - cede il posto alla consapevolezza che la vita va vissuta intensamente e con gioia in ogni suo momento... paradossalmente, proprio la minaccia di scomparire da un momento all'altro a causa di Glorius, lo spinge a decidere di dichiararsi a Natsumi, ma questa sua decisione turba Glorius che, non capendo l'atteggiamento del ragazzo, durante un duro confronto verbale (nel quale Hiromu nega il valore dell' "eternità" raggiunta dai collezionisti di memorie) divora inavvertitamente Hiromu. Il turbamento dettato da quanto Hiromu aveva detto però permane e Glorius perde la propria identità, trovandosi a vivere da quel momento nei panni di Hiromu.
Nel periodo in cui Glorius aveva vissuto come Hiromu aveva lasciato Valeriana da sola, venendo meno, come Vermillion stesso gli aveva rinfacciato, agli obblighi verso la giovane moglie (Glorius e Valeriana si erano sposati), ridotta ad una bambola senza volontà da un fatto avvenuto durante la seconda guerra mondiale in Giappone.
Glorius, Vermillion e Valeriana erano infatti rimasti nel paese, dopo i fatti che avevano visto la rinascita dei due esseri umani come "collezionisti di memorie", nutrendosi degli sfortunati giapponesi, con grande rammarico di Valeriana, che, in cuor suo, provava ancora pietà per la gente stremata dalla sofferenza e dalla fame. Valeriana d'altra parte non aveva ancora imparato a nutrirsi da sola ed era costretta ad affidarsi a Glorius per il proprio sostentamento, situazione che non era ben vista da Vermillion.
Proprio durante una battuta di caccia, nella quale Valeriana viene lasciata da sola per imparare a cavarsela, avviene l'incontro con un giovane soldato giapponese che aiuta la ragazza aggredita da dei ragazzini perché occidentale. Il soldato si prende cura di Valeriana, mostrandole quella gentilezza che la ragazza aveva finito per dimenticare negli esseri umani, ma nello stesso tempo rivela un animo ferito dalla guerra e dalla solitudine, oppresso dalla volontà di scomparire per non dover più uccidere e non dover più ricordare la morte della propria amata. E' proprio la volontà di scomparire del soldato a dare il coraggio alla collezionista di memorie di portare avanti la risoluzione di "divorare" il giovane, tenendo così fede alla promessa fatta a Glorius; e lo stesso soldato si mostra rassegnato all'idea, chiede soltanto una notte in più di vita, in modo da poter innaffiare la mattina dopo un ciliegio bruciato dalle bombe che sembrava non poter più fiorire.
Con lo spuntare del giorno però la scoperta del ciliegio in fiore infonde nuova speranza nel soldato che supplica Valeriana di risparmiarlo. L'arrivo di Glorius precipita le cose: Valeriana, decisa a portare avanti la sua prima "cancellazione", si rende però conto che attorno al soldato è pieno di anime - compresa quella della sua amata - che tentano di proteggerlo: si frappone dunque fra Glorius e il giovane venendo investita dal potere che "cancella" gli esseri umani, perdendo non la propria esistenza ma il proprio "tempo" mentre Glorius, furibondo per l'accaduto, cava gli occhi al soldato mantenendolo però in vita in modo che la sua sofferenza duri fino al giorno della sua morte.
Altrettanto drammatica si presenta la situazione di Natsumi nel tempo presente: ha infatti mantenuto la memoria che avrebbe dovuto perdere, e il ricordo di Hiromu (o meglio, di Glorius nei panni di Hiromu) l'ha ossessionata negli ultimi due anni, rendendola facile bersaglio degli scherni delle compagne di classe, semplicemente convinte che a lei manchi qualche rotella.
L'incontro fra Natsumi e Glorius, che insieme a Vermillion ha deciso di frequentare per un po' il liceo in cui aveva già studiato come Hiromu, crea nuovi problemi: nonostante Glorius minacci la ragazza di "cancellazione", in più di un'occasione la aiuta, difendendola dalle ragazze che la prendono in giro e nascondendola a Vermillion. Quando però Vermillion scopre che la ragazza non ha perso i suoi ricordi, e oltretutto è venuta a sapere della "cancellazione" del vero Hiromu da parte di Glorius, decide di porre termine alla questione eliminando con le proprie mani Natsumi.
Natsumi viene salvata da Valeriana, la quale - pur essendo ancora in stato vegetativo - la "richiama" nel mondo fuori dal tempo in cui è sita la sua casa. Qui Natsumi riesce a stabilire un contatto con Valeriana, venendo così a conoscenza del passato che ha portato lei e Hirokazu a divenire due "cacciatori di memorie"; ed è Valeriana, svegliatasi finalmente, a salvarla ancora una volta quando Vermillion, dopo aver impedito a Glorius di seguirlo, cerca di trasformare anche Natsumi in una "cacciatrice di memorie". Valeriana e Natsumi tornano dunque nel mondo reale, dove la prima può abbracciare il suo Glorius per poi lasciarsi cadere per debolezza.
Glorius, spaventato per Valeriana e temendo di restare nuovamente solo, assorbe l'energia vitale dell'intera città come aveva fatto un secolo e mezzo prima, ma Valeriana, invece di nutrirsi delle anime degli esseri umani, mostra a Glorius come queste continuino ad esistere, come siano belle e garantiscano l'immortalità dell'uomo aldilà della morte, convincendolo a "sparire" assieme lei, per non dover più vivere un'esistenza fasulla come quella che Vermillion aveva regalato loro. Glorius e Valeriana dunque se ne vanno, mentre Vermillion li implora di ripensarci dal momento che non vuole restare solo, ma Natsumi - l'unica ad essersi salvata dal genocidio grazie alla protezione di Valeriana - garantisce ai due sposi, che, anche se i "cacciatori di memorie" sono destinati a scomparire senza lasciar traccia della loro esistenza, lei continuerà a ricordarsi di loro. Vermillion dunque rimane solo sotto la pioggia, che lava via il ricordo dell'esistenza dei cacciatori di memorie, come se non fossero mai esistiti e come se tutto non fosse stato altro che un sogno...
Un giorno qualunque nella città affollata, Hiromu e Natsumi passeggiano, osservando due giovani - Hirokazu e Valeriana - che si incontrano per la prima volta.
