RS MODEL 1:72
Nel gennaio 1940 la Luftwaffe testò il prototipo di una versione d'alta quota, la Ju 86 P. Essa necessitava di un equipaggio di due soli uomini ed era caratterizzata da una nuova cabina pressurizzata, da una nuova ala di maggior lunghezza e motorizzata dagli Jumo 207 A1 a ciclo diesel dotati di turbocompressore. In questa configurazione poteva raggiungere la quota di 12 000 m, all'occorrenza anche superiore, tanto da poter ritenere lo Ju 86 P inattaccabile dai caccia alleati. Per contrastarne la minaccia furono specificatamente progettati il britannico Westland Welkin ed il sovietico Yakovlev Yak-9 PD. A seguito delle soddisfacenti prove di volo la Luftwaffe ordinò di riconvertire 40 vecchi modelli sia in velivoli da bombardamento denominati Ju 86 P-1 sia in ricognitori fotografici d'alta quota denominati Ju 86 P-2, impiegandoli con successo nei cieli sopra la Gran Bretagna, l'Unione Sovietica e il Nord Africa.
Nell'agosto del 1942, nei cieli egiziani, uno Supermarine Spitfire Mk.V modificato riuscì ad abbattere il primo Ju 86 P a circa 14 500 m (circa 49 000 ft) di altezza. Quando successivamente vennero persi altri due P, la Luftwaffe decise nel 1943 di ritirarli definitivamente dal servizio.
La Junkers allora pensò di sviluppare ulteriormente il progetto con lo Ju 86 R per raggiungere, grazie una nuova ala di 32 m e a nuovi motori dotati di eliche a quattro pale, la tangenza massima di 16 000 m e compensare i progressi fatti dai caccia alleati, ma la produzione si limitò ad alcuni prototipi.