Il terzo segreto di Fatima consiste, secondo la Chiesa cattolica, in un messaggio segreto che la Vergine Maria avrebbe consegnato ai tre pastorelli a cui sarebbe apparsa, a Fatima (in Portogallo), a partire dal 13 maggio 1917. Questo messaggio rimase poi in possesso delle più alte gerarchie vaticane e in particolare dei vari pontefici, per molti decenni.
Il terzo segreto rimase ufficialmente ignoto fino al 2000, anno in cui la Chiesa cattolica lo rese pubblico per volontà di papa Giovanni Paolo II, il quale aveva una speciale devozione nei confronti della Madonna di Fatima. Egli in particolare riteneva che la Madonna stessa fosse intervenuta per fermare il proiettile durante l'attentato di cui era stato vittima, nel 1981, impedendo che raggiungesse direttamente il cuore, uccidendolo.
Il terzo segreto è stato perciò interpretato, alla luce di questi eventi, come riguardante principalmente la persecuzione dei cristiani fino al tentativo di uccisione di un «...vescovo vestito di bianco» che i veggenti di Fatima ebbero «...il presentimento che fosse il Santo Padre». Va però precisato che il testo del messaggio è molto ambiguo e povero di riferimenti concreti a fatti storici o biografici, tali da renderne impossibile una attribuzione certa e indubitabile, tanto che nel documento vaticano la congregazione per la dottrina della fede stessa fornisce solamente "un tentativo di interpretazione del « segreto » di Fatima".